Die ehemalige Klosterkirche St. Crucis, gelegen am Kornmarkt, weist sich durch ihre schlichte, von Maß und Proportion bestimmte Architektur als Bettelordenskirche aus.

Der seit 1802 profanierte Bau, der zunächst als städtische Waage und Kornmagazin, seit dem späten 19. Jahrhundert gar als Bauhülle für Büroräume und Wohnungen verwendet worden war, fand erst nach grundlegender Restaurierung in den Jahren 1973 bis 1975 und der nachfolgenden musealen Gestaltung eine angemessene Nutzung.

Der Neorenaissancebau am Lindenbühl, 1868 bis 1871 als Gymnasium errichtet, ist seit 1947 festes Domizil des Mühlhäuser Heimatmuseums, das aus dem 1879 gegründeten Gewerbemuseum hervorgegangen ist.

Durch gewachsenen Sammlungsbestand und Umfang der wissenschaftlichen Bearbeitung ist dieses Haus dem Status eines Heimatmuseums entwachsen und zu einem Stadt- und Regionalgeschichtsmuseum geworden, in dem die Besucher neben naturkundlichen (Geologie und Biologie Nordwestthüringens) und ur- und frühgeschichtlichen (Entwicklung von der Steinzeit bis zur fränkischen Kolonisierung) Dauerausstellungen auch die thüringenweit einmalige Darstellung reichsstädtischer Geschichte erleben können.

Mühlhausen gehört zu den wenigen Städten, die noch über einen nahezu vollständigen mittelalterlichen Stadtmauerring verfügen.

Trotz einiger Substanzverluste - im 19. Jahrhundert wurden bis auf das Innere und Äußere Frauentor alle Stadttore abgebrochen - vermittelt die Stadtmauer noch heute einen imponierenden Eindruck von der Wehrhaftigkeit und Bedeutung der einstigen Freien Reichsstadt.